27 сентября 2017 года задержан. 29 сентября 2017 года постановлением Киевского районного суда Симферополя Республики Крым взят под стражу. Когда, по словам Юнуса Машарипова, 29 сентября 2017 года его привезли в Ялтинский городской суд для избрания меры пресечения, он сослался на 51-ю статью Конституции России, отказался давать показания и заявил о пытках. Однако судья эти заявления проигнорировал, рассказывал Машарипов. В своём заявлении он писал, что теперь (имеется ввиду осень 2017 года) «сотрудники ФСБ угрожают расправой, помещением в психбольницу на всю жизнь из-за того, что по статье 51 отказался от данных мною показаний вследствие пыток». 13 ноября 2018 года Ялтинский городской суд приговорил Машарипова к четырем годам колонии общего режима и штрафу в 110 тысяч рублей. Суд апелляционной инстанции оставил решение без изменений, не считая мелких деталей в тексте, однако в кассационной инстанции Машарипову удалось добиться возвращения дела в суд первой инстанции. 3 марта 2020 года суд постановил отправить Машарипова в психиатрическую больницу. 25 июня суд апелляционной инстанции отменил решение. 1 марта 2021 года суд кассационной инстанции отправил дело на пересмотр. 27 апреля 2021 года суд апелляционной инстанции оставил решение суда первой инстанции без изменений.